Este estudio analizó la diversidad genética de un total de cinco razas de caballos de Xinjiang utilizando 13 marcadores de microsatélites. Los resultados indicaron una alta diversidad genética y bajos niveles de endogamia en todas las razas. El análisis de componentes principales, la reconstrucción filogenética y el agrupamiento bayesiano mostraron consistentemente una estrecha relación genética entre el caballo kirguís y el caballo Yanqi, sugiriendo un ancestro compartido. Estos hallazgos amplían la base de datos de recursos genéticos para las razas equinas indígenas de Xinjiang y proporcionan nuevas perspectivas sobre el origen del caballo kirguís.