El análisis de la diversidad genética y las dinámicas históricas de la estructura de las razas de gansos endémicos en peligro de extinción ha atraído un gran interés. Aunque se han elucidado varios aspectos de la estructura de las razas de gansos, todavía hay una investigación insuficiente sobre la base genética de las razas de gansos endémicos en peligro de extinción de China. En este estudio, recolectamos muestras de sangre de gansos Lingxiang White (LX), Yan (YE), Yangjiang (YJ), Wuzong (WZ), Xupu (XP) y Baizi (BZ) y utilizamos la secuenciación Sanger para determinar la secuencia parcial del gen citocromo b en un total de 180 gansos. Se detectaron un total de 117 sitios polimórficos en la secuencia de 707 pb del gen mtDNA después de la fragmentación y corrección, lo que representa aproximadamente el 16.55% de la secuencia total. El contenido de AT (51.03%) de la secuencia procesada fue ligeramente superior al contenido de GC (48.97%), lo que indica una preferencia por las bases purinas. Las razas YJ, YE y WZ presentaron la mayor diversidad genética poblacional, con una diversidad de haplotipos superior a 0.9 y una diferencia nucleotídica poblacional promedio de 8.01. Se detectaron un total de 81 haplotipos que se dividieron en seis ramas principales. Entre las seis razas de gansos, hubo intercambios genéticos frecuentes entre los gansos LX, YJ, YE y WZ. Analizamos la distribución de las diferencias de desajuste de bases en las razas de gansos y probamos sus dinámicas históricas para la neutralidad en el D de Tajima y el Fs de Fu. Para los gansos YJ y WZ, el D de Tajima fue mayor que 0, pero la diferencia no fue significativa. Los valores reales para las dos razas exhibieron distribuciones de Poisson multimodales. Los patrones poblacionales de los gansos WZ y YJ son supuestamente relativamente estables, y las razas no han experimentado expansiones poblacionales ni efectos de cuellos de botella, lo que es consistente con los resultados de la prueba de neutralidad. Este estudio proporciona nuevas perspectivas sobre los diversos orígenes genéticos y las dinámicas históricas que sustentan las razas de gansos endémicos en peligro de extinción.