Dada la severa reducción de los recursos de germoplasma del camello bactriano, la evaluación científica, protección y utilización son particularmente importantes. Por lo tanto, es necesario investigar la diversidad genética y la estructura genética de esta especie, e identificar los genes que han desempeñado roles importantes en su evolución. En este estudio, se identificaron 21,971 SNPs en 118 camellos bactrianos domésticos de las poblaciones de Tarim (= 60) y Junggar (= 58) utilizando secuenciación de genoma GBS simplificada. Los resultados muestran que los camellos bactrianos de Tarim y Junggar tienen una alta diversidad de nucleótidos. Un árbol filogenético construido utilizando análisis estructural, análisis de componentes principales (PCA) y el método de adyacencia (NJ) mostró que los camellos bactrianos de Tarim y Junggar se agruparon juntos. Las señales de selección revelaron que los camellos bactrianos de Tarim y Junggar compartieron 108 genes bajo selección positiva, incluyendo WNT1, WNT10B, CD14, SEC61A2, DPAGT1, FOXO6, etc. Estos genes seleccionados participaron ampliamente en el sistema inmunológico, el desarrollo embrionario, el metabolismo de lípidos y otros procesos. Desde una perspectiva de análisis genómico, la relación genética entre los camellos TLM y ZGE es cercana, con un Fst promedio de 0.048 y un coeficiente de diferenciación promedio relativamente bajo entre las dos poblaciones. Además, los genes seleccionados compartidos en la vía de depresión a largo plazo estaban significativamente enriquecidos en Tarim y Junggar. Estos hallazgos ofrecerán apoyo y asistencia para la exploración de la preservación de recursos genéticos, rasgos económicamente significativos y los mecanismos subyacentes a las características biológicas, la cría molecular y las enfermedades.