Los recursos genéticos son la fuente fundamental de diversidad disponible para los mejoradores de plantas para la mejora de rasgos deseados. Sin embargo, un gran conjunto de germoplasma es difícil de preservar y utilizar como una colección de trabajo en estudios genéticos. Por lo tanto, el presente estudio evalúa la diversidad genética de 3115 accesiones de cártamo del Banco Nacional de Genes de la India, incluidos cultivares indios, para desarrollar un conjunto manejable de accesiones, con variaciones genéticas similares al germoplasma estudiado. Se utilizaron un total de 18 marcadores SSR polimórficos. El análisis de diversidad genética reveló que las accesiones de germoplasma eran altamente diversas y no hay correlación entre la diversidad genética y la colección geográfica de germoplasma o la obtención de germoplasma. Se desarrolló un conjunto central utilizando un software de caza de núcleos con diferentes niveles de composición, y se encontró que el 10% de las accesiones mostraban la máxima diversidad genética y representaban un número igual de alelos y frecuencia del alelo mayor en el germoplasma estudiado. El núcleo desarrollado consistió en 351 accesiones, incluidos cultivares indios, y se validaron con varios parámetros genéticos para asegurar que eran un verdadero conjunto central para las accesiones estudiadas del germoplasma de cártamo.