El trigo sarraceno de Tartaria es un cultivo medicinal y comestible importante, conocido por sus significativos beneficios para la salud humana. Aunque se han recopilado numerosos recursos de germoplasma de trigo sarraceno de Tartaria en China, la diversidad genética y los recursos de germoplasma centrales siguen siendo en gran medida inciertos. El objetivo de este trabajo fue analizar la variabilidad genética y construir una colección de germoplasma central de trigo sarraceno de Tartaria. Se utilizaron quince marcadores SSR altamente polimórficos para investigar 659 accesiones de trigo sarraceno de Tartaria. Se marcaron un total de 142 alelos, con un promedio de 9.47 alelos por locus. El análisis de variabilidad genética reveló que estas accesiones recopiladas exhiben una alta diversidad genética y pueden clasificarse en siete subgrupos. Entre accesiones silvestres, variedades locales y mejoradas, la accesión silvestre mostró la mayor diversidad genética, mientras que no se observó una variación genética significativa entre las accesiones de variedades locales y mejoradas. Basado en análisis de diversidad genética y estructura poblacional, se construyó una colección de germoplasma central que contiene 165 accesiones (47 silvestres, 92 locales y 26 mejoradas), asegurando una alta diversidad genética y una buena representación. Este estudio no solo destacó las diferencias genéticas entre las accesiones de trigo sarraceno de Tartaria, sino que también proporcionó información sobre la estructura poblacional y el desarrollo de una colección de germoplasma central. Proporcionó referencias importantes para la conservación de la diversidad genética y la mejora genética del trigo sarraceno de Tartaria.