Este estudio investiga el estatus taxonómico, las relaciones filogenéticas y la diversidad genética del castaño japonés (Siebold & Zucc.) en Liaodong, China, y en toda Asia Oriental. Además, evalúa los recursos de germoplasma centrales a través de análisis de agrupamiento y estructura poblacional utilizando datos de marcadores de repeticiones de secuencia simple (SSR) de 13, 27 y 142 recursos de castaño japonés. Los resultados muestran que el género de Asia Oriental forma un grupo monofilético con límites interespecíficos distintos. El castaño japonés y dos variedades/líneas (187 y 170) forman un clado hermano, lo que indica una estrecha relación filogenética. Todos los recursos de castaño japonés se dividen en dos ramas, con una considerable mezcla. El análisis de diversidad genética reveló que las 142 variedades/líneas de castaño japonés poseían colectivamente 141 loci alélicos, con distancias genéticas (DG) que oscilan entre 0.429 y 0.880, con un promedio de 0.740. Basado en características únicas, se seleccionaron siete recursos con características distintivas como obligatorios. Un total de 41 recursos de germoplasma centrales fueron finalmente determinados utilizando el método de recocido simulado. El análisis comparativo reveló que, aparte de una notable diferencia en loci de información polimórfica, el germoplasma central y el germoplasma original no mostraron diferencias significativas en otros parámetros de diversidad genética. Esto indica que los 41 recursos de germoplasma centrales preservan efectivamente la diversidad genética del germoplasma original y han sido influenciados por la selección artificial. Este estudio proporciona una base científica para la conservación y el uso de recursos de germoplasma.