El mijo proso es un importante cultivo cerealífero alótetraploide; sin embargo, es la especie menos estudiada de la familia, ya que es un cultivo subutilizado. Los recursos genómicos para el mijo proso son muy limitados en comparación con los cultivos principales. Comprender las relaciones genéticas entre los recursos de germoplasma es importante para futuros esfuerzos de mejoramiento. En el presente estudio, se emplearon marcadores de microsatélites para evaluar el polimorfismo y la diversidad genética de 100 accesiones de mijo de diferentes países, que fueron probadas en condiciones de la zona de estepa seca de la región de Akmola de 2020 a 2022. El uso de 20 marcadores de microsatélites detectó un total de 47 alelos, con un número promedio de alelos de 2.35 por locus entre estas accesiones de mijo proso. Nueve de ellos fueron polimórficos entre los genotipos, lo que sugiere que estos marcadores de microsatélites pueden ser utilizados para estudios genéticos. Los resultados mostraron un nivel moderado de contenido de información de polimorfismo (PIC) que promedió en 0.424, con valores que van desde 0.125 hasta 0.795. Los marcadores SSR-67, SSR-82, SSR-85 y SSR-109 mostraron valores altos de PIC de 0.536, 0.756, 0.795 y 0.758, respectivamente. Los marcadores SSR-85 y SSR-86 se correlacionaron significativamente con rasgos agronómicos, como el macollaje productivo (PT) y el rendimiento de grano (GY). La estructura genética, el clúster UPGMA y el ensayo PCoA indicaron que las accesiones que se originaron en Asia Central tenían una mayor diversidad genética. Según la estructura (K = 3), todas las accesiones se dividieron en tres grupos, donde el acervo genético que se originó en Asia Central se detectó en los tres clústeres. Según un análisis de componentes principales (PCA), las accesiones de origen centroasiático estaban genéticamente más cerca del grupo de Asia del Norte.