El estudio se llevó a cabo para identificar y describir 34 rasgos morfológicos de 30 germoplasmas de lirios de agua tropical recolectados, incluyendo tanto lirios de agua vivíparos como no vivíparos, junto con un análisis de diversidad genética utilizando 16 marcadores SSR polimórficos seleccionados. Los resultados revelaron diferencias significativas entre los diversos germoplasmas de lirios de agua. Específicamente, el índice de diversidad genética para 15 rasgos cualitativos varió de 0.456 a 1.681, mientras que el índice para 19 rasgos cuantitativos superó 1.5, variando de 1.532 a 2.024, y el coeficiente de variación para estos rasgos osciló entre 12.11% y 58.88%, lo que indica que el índice de diversidad genética de los rasgos cuantitativos fue significativamente mayor que el de las características cualitativas. Se extrajeron siete componentes principales, que representaron el 74.16% de la información genética. Al integrar el cálculo de los valores de la función de membresía, se seleccionaron germoplasmas con características integrales superiores. Se amplificaron un total de 115 alelos utilizando 16 pares de marcadores SSR de los materiales probados. El número efectivo de alelos varió de 2.01 a 8.02, el índice de información de Shannon varió de 1.03 a 2.25, el contenido de información de polimorfismo osciló entre 0.57 y 0.90, y el coeficiente de similitud genética fue de 0.30 a 0.80. Basado en los rasgos morfológicos y los marcadores moleculares SSR, los germoplasmas de lirios de agua probados se clasificaron en cuatro y cinco categorías, respectivamente, mostrando ciertas similitudes y diferencias. El agrupamiento morfológico distinguió efectivamente entre lirios de agua vivíparos y no vivíparos, mientras que el agrupamiento basado en SSR no mostró una correlación significativa con la viviparidad. El análisis de componentes principales indicó que los diferentes grupos eran relativamente independientes, mientras que los individuos dentro de cada grupo estaban concentrados. Estos resultados sugieren que combinar rasgos morfológicos y análisis de SSR es un enfoque efectivo para evaluar la diversidad genética de los lirios de agua y comprender las relaciones genéticas entre los germoplasmas, y proporciona una referencia valiosa para utilizar germoplasmas vivíparos y criar nuevas variedades.