El estrés por salinidad afecta significativamente el rendimiento del arroz, especialmente cuando ocurre durante la etapa de germinación. La siembra directa es un método emergente para conservar agua en el cultivo de arroz. Sin embargo, hasta la fecha, ha habido esfuerzos limitados para seleccionar germoplasma de arroz con tolerancia a la sal bajo este enfoque. En este estudio, se evaluaron 40 genotipos de arroz para tolerancia a la sal utilizando una combinación de parámetros de germinación y crecimiento. Se utilizaron un total de 59 marcadores microsatélites para evaluar la diversidad genética, revelando una variación significativa tanto en los rasgos de germinación como de crecimiento. Con base en los parámetros de germinación, IR36, Sri Malaysia 2 y MR185 se desempeñaron bien en condiciones salinas, mientras que Hashemi Tarom y BAS2000 mostraron una tolerancia débil. MR219, MR211 y MR263 fueron identificados como genotipos superiores de alta tolerancia a la sal contra todos los parámetros de crecimiento. BAS2000 y MCHKAB fueron identificados como sensibles a la sal, mostrando un crecimiento reducido en rasgos clave, incluido el desarrollo de raíces y brotes. El genotipado basado en marcadores identificó un total de 287 alelos. El número de alelos por locus varió de dos a nueve con un promedio de 4.86. El contenido de información polimórfica (PIC) varió de cuatro a ocho. Los marcadores RM21, RM481, RM566, RM488, RM9, RM217, RM333, RM242, RM209, RM38, RM539, RM475, RM267, RM279 y RM430 resultaron altamente polimórficos con un valor de PIC > 0.7 y contienen el mayor número de alelos (>=6). Las estructuras de población basadas en modelos y distancias ambas inferían la presencia de tres grupos en el germoplasma de arroz estudiado. Según el análisis de conglomerados, Shiroodi, Hashemi Tarom y BAS2000 se encontraron como variedades débilmente tolerantes a la sal, mientras que MR211 y MR219 son dos variedades malayas encontradas altamente tolerantes y con un alto potencial para métodos de siembra directa. Una prueba de AMOVA sugirió que el 95% de la diversidad genética estaba dentro de la población, lo que implica que había una variación genética significativa presente en el germoplasma de arroz que se podría utilizar para seleccionar progenitores para futuros programas de cría.