El algodón es una fuente importante de fibra natural para la industria textil mundial y también es un cultivo oleaginoso importante. La fibra de algodón es la principal fuente de textiles, las semillas se utilizan para extraer aceite y el bagazo restante se utiliza como alimento animal rico en proteínas. Además, la llamada fibra corta del algodón se utiliza en más de 50 industrias. La cría de algodón se basa generalmente en el cruce de los genotipos de mayor rendimiento y calidad de fibra. Sin embargo, los programas de cría de algodón se ven afectados negativamente por la estrecha diversidad genética de las variedades. Es por esta razón que la identificación de recursos genéticos y la divulgación de la diversidad genética son tan importantes. Aquí, la diversidad genética de los genotipos se determinó utilizando electroforesis en gel capilar de alta resolución. Usando 19 marcadores EST-SSR, se analizaron un total de 47 genotipos. Los valores de PIC de los marcadores utilizados variaron de 0,268 a 0,889. El valor de PIC medio se calculó en 0,603. En cuanto al agrupamiento, los análisis de PCoA y estructura de la población dieron resultados similares, y los genotipos se pudieron dividir en tres grupos principales. Se encontró una mezcla genética en algunos genotipos de la especie. Podemos concluir que (i) los marcadores EST-SSR utilizados en este estudio son efectivos en la determinación de la diversidad genética, (ii) la diversidad genética debería incrementarse mediante la recopilación de recursos genéticos y (iii) los marcadores genéticos EST-SSR en este estudio deberían considerarse en los programas de cría utilizándolos en estudios de QTL.