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Análisis diferencial de RNA-Seq predice genes relacionados con la modificación de terpenos en

Autores: Ritz, Manfred; Ahmad, Nadim; Brueck, Thomas; Mehlmer, Norbert

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2023

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Acceso abierto

Artículo científico
2023

Análisis diferencial de RNA-Seq predice genes relacionados con la modificación de terpenos en


Categoría

Ciencias Agrícolas y Biológicas

Subcategoría

Botánica

Palabras clave

Funcionalización enzimática de terpenos
Diversidad de metabolitos secundarios de plantas
Enzimas modificadoras de terpenos
Compuestos volátiles
Ciclasa de terpenos
Datos de RNA-Seq
Cultivares
Perfil de transcripción
Andamiajes de terpenos
Referencia genómica
Enzimas citocromo P450
Monoterpenos
Limoneno.

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 8

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
La funcionalización enzimática de terpenos es una parte esencial de la diversidad de metabolitos secundarios de las plantas. Dentro de esto, se requieren múltiples enzimas modificadoras de terpenos para permitir la diversidad química de compuestos volátiles esenciales en la comunicación y defensa de las plantas. Este trabajo arroja luz sobre los genes transcritos diferencialmente que son capaces de funcionalizar andamios de terpenos cíclicos, que son el producto de la acción de la terpeno ciclasa. La referencia genómica disponible fue sometida a mejoras adicionales para proporcionar una base integral, donde se minimizó el número de contigs. Los datos de RNA-Seq de seis cultivares, Dark Knight, Grand Bleu, Good as Gold, Hint of Gold, Pink Perfection y Sunny Blue, fueron mapeados en la referencia, y se investigó su perfil de transcripción distinto. Dentro de este recurso de datos, detectamos variaciones interesantes y además genes con altas y bajas abundancias de transcritos en hojas relacionadas con la funcionalización de terpenos. Como se describió anteriormente, diferentes cultivares varían en su modificación de monoterpenos, especialmente limoneno, lo que resulta en diferentes moléculas derivadas de limoneno. Este estudio se centra en predecir las enzimas citocromo p450 que subyacen a este patrón de transcripción variado entre las muestras investigadas. Así, constituyen una explicación razonable para las diferencias en terpenoides entre estas plantas. Además, estos datos proporcionan la base para ensayos funcionales y la verificación de actividades enzimáticas putativas.

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