Las tensiones ambientales influyen significativamente en el crecimiento y la productividad de los cultivos, actuando como poderosas presiones selectivas en la evolución de las plantas. La superfamily es crucial para el desarrollo de las plantas y las respuestas al estrés, orquestando vías regulatorias clave. Este estudio explora la evolución adaptativa de los genes AP2/ERF en 15 especies de plantas clave, centrándose en los patrones de expansión y contracción impulsados por la amplificación a través de análisis multi-ómicos. En los genomas de 15 plantas, identificamos 1495 genes AP2/ERF. Los genes demostraron una retención preferencial después de la amplificación, subrayando su importancia en la estabilidad genómica y la adaptación funcional. Notablemente, la subfamilia asociada a la amplificación mostró una expansión sustancial en la quinua, enfatizando su papel en la adaptación al estrés. Se identificaron redes regulatorias sólidas entre los genes AP2/ERF, las vías de ácidos grasos, destacando sus contribuciones a la resistencia al estrés. Los análisis transcriptómicos validaron aún más la correlación conservada de estas redes. Las predicciones funcionales basadas en datos fenotípicos y de RNA-seq revelaron la participación de los genes AP2/ERF en procesos clave de respuesta al estrés y desarrollo. Al integrar datos genómicos, metabolómicos, fenotípicos, transcriptómicos e interacciones de proteínas, este estudio descubre nuevos reguladores y vías adaptativas de los genes AP2/ERF, proporcionando ideas sobre su diversificación evolutiva después de la amplificación. Estos hallazgos establecen un marco integral para comprender los roles fundamentales de los genes AP2/ERF en la mejora de la tolerancia al estrés de las plantas.