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Caracterización en profundidad de genes en el contexto del estrés del retículo endoplásmico (RE) en ssp

Autores: Ayaz, Aliya; Jalal, Abdul; Zhang, Xiaoli; Khan, Khalid Ali; Hu, Chunmei; Li, Ying; Hou, Xilin

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2024

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Acceso abierto

Artículo científico
2024

Caracterización en profundidad de genes en el contexto del estrés del retículo endoplásmico (RE) en ssp


Categoría

Ciencias Agrícolas y Biológicas

Subcategoría

Botánica

Palabras clave

Estudios
Caracterización genómica
Genes
Estrés del retículo endoplásmico
Pak choi
Interacción proteína-proteína

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 14

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
Numerosos estudios se han llevado a cabo para investigar la caracterización genómica de los genes y su participación en la respuesta celular al estrés del retículo endoplásmico (RE). Estos estudios han proporcionado valiosos conocimientos sobre la respuesta celular coordinada al estrés del RE, que está mediada por factores de transcripción (FT). Sin embargo, actualmente falta en la literatura existente una investigación integral y sistemática sobre el papel de los genes y su participación en la respuesta al estrés del RE en el pak choi. Para abordar esta brecha de conocimiento, se inició el presente estudio para elucidar las características genómicas de los genes, obtener información sobre sus patrones de expresión durante el estrés del RE en el pak choi e investigar la interacción proteína-proteína de los genes con la chaperona BiP del RE. En total, se identificaron 112 miembros de los genes a través de un análisis genómico exhaustivo. Basado en un análisis de similitud de secuencia, estructura del gen, dominios conservados y motivos responsivos, los genes identificados se categorizaron en 10 subfamilias distintas a través de un análisis filogenético. La ubicación cromosómica y los eventos de duplicación proporcionaron información sobre su contexto genómico e historia evolutiva. El análisis de divergencia estimó su historia evolutiva con un tiempo de divergencia predicho que varía de 0.73 a 80.71 millones de años (MYA). Se descubrió que las regiones promotoras de los genes exhiben una amplia variedad de elementos, incluidos elementos responsivos a la luz, hormonas y estrés. El análisis de enriquecimiento de GO confirmó aún más sus roles en la respuesta a proteínas no plegadas del RE (UPR), mientras que el análisis de red de coexpresión mostró una fuerte relación de los genes con genes responsivos al estrés del RE. Además, los perfiles de expresión génica y la interacción proteína-proteína con la chaperona del RE confirmaron aún más sus roles y capacidad para responder al estrés del RE en el pak choi.

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