El pez roca mármol pertenece a los peces eurihalinos y es un pez escleractinio ovíparo. Hay pocos estudios sobre el mecanismo de adaptación, los genes funcionales y las vías relacionadas con la salinidad. Los resultados mostraron que se obtuvieron un total de 72.1 GB de lecturas limpias y todas las lecturas limpias anotaron un total de 25,278 Unigenes, de los cuales 2,160 eran genes nuevos. En comparación, se obtuvieron 20, 479 y 520 genes diferenciales para 35 y 10, respectivamente. El análisis de enriquecimiento de la ontología genética (GO) reveló un enriquecimiento significativo en la unión de proteínas, la unión de iones, la unión de ATP y la actividad catalítica. La Enciclopedia de Genes y Genomas de Kioto (KEGG) mostró que los genes expresados diferencialmente bajo estrés por salinidad estaban principalmente involucrados en las vías del metabolismo del citocromo P450 de xenobióticos, el metabolismo del triptófano, la senescencia celular y las vías de señalización del calcio. Entre ellos, pik3r6b, cPLA2-like y WSB1 se expresaron diferencialmente en los tres grupos, y estaban asociados con la apoptosis, la inflamación, el daño al ADN, la regulación inmune y otros procesos fisiológicos. Se seleccionaron aleatoriamente seis genes expresados diferencialmente para la validación por qRT-PCR, y los resultados mostraron que los datos transcriptómicos eran de alta confianza.