El nematodo reniforme es un microparásito importante para la producción de algodón de tierras altas. Cultivar variedades resistentes es el método de manejo más económico, pero solo unos pocos genotipos y algunas especies diploides de Gossypium confieren altos niveles de resistencia. Este estudio realizó un análisis de transcriptoma de genotipos resistentes para identificar genes involucrados en la defensa de la planta huésped. Las plántulas de los accesos PI 529728 (A2-100) y PI 615699 (A2-190), y los genotipos PI 608139 (GB 713) y PI 163608 (TX 110), fueron inoculadas con la población de nematodos reniformes MSRR04 y se recolectaron muestras de raíces en el quinto (D5) y noveno (D9) día después de la inoculación. Se identificaron genes diferencialmente expresados (DEGs) comparando los transcriptomas de raíces de plantas inoculadas con los de plantas no inoculadas. Los accesos A2-100 y A2-190 mostraron 52 y 29 DEGs en D5, respectivamente, con 14 DEGs en común, y 18 DEGs para A2-100 y 11 DEGs para A2-190 en el cromosoma 5. En D9, se encontraron cuatro DEGs en A2-100 y dos DEGs en A2-190. Para GB 713, se encontraron 52 y 43 DEGs, y para TX 110, se observaron 29 y 117 DEGs en D5 y D9, respectivamente. Seis DEGs fueron comunes en los dos momentos de muestreo para estos genotipos. Algunos DEGs fueron identificados como algodón inducido por Meloidogyne 3 y 4, análogos de genes de resistencia, o proteínas similares a receptores. Otros DEGs tienen roles potenciales en la defensa de las plantas, como peroxidasas, muerte celular programada, proteínas relacionadas con la patogénesis y resistencia adquirida sistémica. Investigaciones adicionales sobre estos DEGs ayudarán a comprender los mecanismos de resistencia para explorar nuevas aplicaciones en el desarrollo de cultivares resistentes.