La secuenciación de ARN (ARN-Seq) es un método de secuenciación profunda utilizado para el perfilado del transcriptoma. Los ensamblajes de ARN-Seq se han utilizado con éxito para una amplia variedad de aplicaciones, como la caracterización génica, estudios genómicos funcionales y análisis de expresión génica, particularmente útil en ausencia de una secuencia de referencia genómica bien estudiada. Este estudio informa sobre el desarrollo de conjuntos de unigenes de referencia a partir de haba utilizando ARN-Seq. Dos cultivares australianos de haba (Doza y Farah) que difieren en términos de resistencia a enfermedades, hábito de cría y características de adaptación, y que han sido ampliamente utilizados en programas de cría, fueron utilizados en este estudio. El ensamblaje resultó en un total de 58,962 y 53,275 transcripciones con aproximadamente 67 Mbp (N50 de 1588 pb) y 61 Mbp (N50 de 1629 pb) para Doza y Farah, respectivamente. Las transcripciones generadas se compararon con las bases de datos de proteínas y nucleótidos de NCBI, así como con los complementos génicos de varias especies de leguminosas relacionadas como la soja y el garbanzo. Ambos ensamblajes se compararon con conjuntos de referencia de transcriptomas de haba previamente publicados para evaluar el grado de completitud y utilidad. Se realizó la anotación de unigenes y se identificaron patrones de expresión específicos de tejido. El complemento génico derivado de este análisis exhaustivo del transcriptoma muestra que la haba, a pesar de su complejo genoma de 13 Gbp, se compara bien con otras leguminosas en cuanto al contenido génico expresado. Este estudio en haba representa los transcriptomas de referencia más completos de dos cultivares australianos diferentes disponibles hasta la fecha y proporciona un recurso valioso para futuras actividades de cría asistidas por genómica en esta especie.