El ciclo estral es una de las características de los mamíferos placentarios después de la madurez sexual, incluyendo la etapa de estro (ES) y la etapa de diestro (DS). El ciclo estral es importante en la fisiología femenina y su desorden puede llevar a enfermedades, como el síndrome de ovario poliquístico, carcinoma de ovario, ansiedad y epilepsia. En los últimos años, los efectos de los ARN no codificantes y el ARN mensajero (ARNm) en el ciclo estral han comenzado a suscitar mucha preocupación; sin embargo, no se ha reportado un análisis de transcriptoma completo entre ARN no codificantes y ARNm. Aquí, reportamos un análisis de transcriptoma completo del ovario de cabra en los períodos de estro y diestro. Se llevó a cabo una sincronización de estro para inducir la fase de estro y, en el día 32, las cabras pasaron a la etapa de diestro. Se recolectó el ARN del ovario de las etapas de estro y diestro para realizar la secuenciación de ARN. Luego, se adquirieron las bases de datos de ARN circular (circARN), microARN (miARN), ARN largo no codificante (lncARN) y ARNm del ovario de cabra, y se filtraron las expresiones diferenciales entre las etapas de estro y diestro para construir redes circARN-miARN-ARNm/lncARN y lncARN-miARN/ARNm, proporcionando así posibles vías que están involucradas en la regulación del ciclo estral. Se extrajeron de la red los ARNm expresados diferencialmente, como , , y , y los miARN expresados diferencialmente que juegan papeles clave en la regulación del ciclo estral, como miR-21-3p, miR-202-3p y miR-223-3p. Nuestros datos proporcionaron las bases de datos de miARN, circARN, lncARN y ARNm del ovario de cabra y cada perfil expresado diferencialmente entre ES y DS. Se construyeron redes entre los miARN, circARN, lncARN y ARNm expresados diferencialmente para proporcionar recursos valiosos para el estudio del ciclo estral y enfermedades relacionadas.