La marchitez de la hoja del maíz del sur (SCLB) causada por amenaza el crecimiento y rendimiento del maíz en todo el mundo. En este estudio, se estableció un análisis peptidómico comparativo etiquetado con TMT entre muestras de hojas de maíz infectadas y no infectadas utilizando espectrometría de masas en tándem acoplada a cromatografía líquida. Los resultados se compararon e integraron con datos de transcriptoma bajo las mismas condiciones experimentales. El análisis peptidómico de plantas identificó 455 y 502 péptidos expresados diferencialmente (DEPs) en hojas de maíz infectadas en el día 1 y el día 5, respectivamente. Se identificaron un total de 262 DEPs comunes en ambos casos. El análisis bioinformático indicó que las proteínas precursoras de los DEPs están asociadas con muchas vías generadas por los cambios patológicos inducidos por SCLB. Los perfiles de expresión de péptidos y genes en plantas de maíz se alteraron considerablemente después de la infección. Estos hallazgos proporcionan nuevas perspectivas sobre los mecanismos moleculares de la patogénesis de SCLB y ofrecen una base para el desarrollo de genotipos de maíz con resistencia a SCLB.