La familia de secuencias relacionadas con los internodos cortos (SRS), una clase de factores de transcripción específicos de plantas cruciales para diversos procesos biológicos, fue investigada sistemáticamente en mijo de cola de zorro utilizando datos de pan-genoma de 110 recursos de germoplasma centrales, así como dos genomas de alta calidad (y Yu1). Identificamos miembros de SRS y analizamos sus patrones de distribución intraespecífica, incluyendo variación en el número de copias (CNV) y translocaciones intercrómicas. Se propuso una nueva nomenclatura estandarizada para unificar la nomenclatura de la familia de genes, permitiendo la visualización directa de la variación en el número de miembros a través de los germoplasmas y la identificación de miembros centrales/variables, al tiempo que se destacan las translocaciones cromosómicas. Centrándonos en los dos genomas de alta calidad, ambos con seis miembros centrales de SRS, realizamos un análisis de colinealidad de todo el genoma con Arabidopsis, arroz, maíz, soja y cola de zorro verde. El análisis Ka/Ks de pares de genes colineales reveló una selección purificadora actuando sobre los genes. El análisis de promotores identificó abundantes elementos -responsivos al estrés. Entre los miembros centrales, el gen mostró la mayor expresión durante el crecimiento vegetativo, pero mostró una significativa regulación a la baja bajo estrés por sequía y sal, sugiriendo su papel como un regulador negativo clave en las respuestas al estrés abiótico. Este estudio demuestra la utilidad de la pan-genómica en la resolución de la dinámica de la familia de genes y establece como un objetivo crítico para la ingeniería de tolerancia al estrés en el mijo de cola de zorro.