En Hymenoptera, la monofilia de Evaniomorpha ha sido el foco de debate entre diferentes académicos. En este estudio, secuenciamos dos genomas mitocondriales de (Hymenoptera: Megaspilidae) para analizar las características genómicas mitocondriales y proporcionar nuevos datos moleculares para estudios filogenéticos de Evaniomorpha. Los tamaños de los mitogenomas de y fueron 15,445 pb y 15,373 pb, respectivamente, con el de faltante. La composición de nucleótidos estaba significativamente sesgada hacia adenina y timina, con contenidos de A + T del 81.2% () y 82.4% (). Usando sp. (Ceraphronidae) como referencia, los valores de Ka/Ks de y en fueron ambos mayores que uno, lo que indica que las mutaciones no sinónimas son favorecidas por la selección darwiniana, lo cual es raro en otras especies de himenópteros. En comparación con el orden de genes de sp., se identificaron nueve operaciones en , incluyendo cuatro inversiones, cuatro TDRLs (pérdidas aleatorias de duplicación en tándem) y una transposición, o cuatro inversiones y cinco TDRLs. El análisis filogenético de 40 genomas mitocondriales mostró que Evaniomorpha no era un grupo monofilético, lo que también fue respaldado por los valores de PBD. Ceraphronoidea es un grupo monofilético y es un grupo hermano de Aulacidae + Gasteruptiidae. Basado en la región conservada de los genomas mitocondriales recién secuenciados, se diseñó un par de cebadores específicos MegaF/MegaR para secuenciar los genes en Megaspilidae y se logró una tasa de éxito del 60% en el género.