El selenato, la forma más común de selenio (Se) en ambientes de suelo, es beneficioso para las plantas superiores. El selenato es similar al sulfato en términos de estructura y la forma de asimilación por las plantas, que implica la reducción de selenato a selenuro y la sustitución de un grupo S en compuestos orgánicos como los aminoácidos. La incorporación no específica de seleno-aminoácidos en proteínas induce toxicidad por Se en las plantas. El selenato altera el metabolismo de la planta, particularmente el metabolismo del S, que es comparable a las respuestas a la deficiencia de S (-S). Sin embargo, los análisis previos involucraron altas concentraciones de selenato, y los efectos de dosis más bajas de selenato no han sido elucidado. En este estudio, analizamos los cambios metabólicos inducidos por el tratamiento con selenato a través de un análisis de metaboloma no dirigido y encontramos que 2 uM de selenato disminuyó los asimilados de S y aminoácidos, y aumentó los flavonoides, mientras que los niveles de glutatión se mantuvieron. Los resultados sugieren que la disminución en los niveles de aminoácidos, que no se detecta bajo -S, junto con las interrupciones en la asimilación de S, las vías de biosíntesis de aminoácidos y el metabolismo energético, presentan las principales influencias metabólicas del selenato. Estos resultados sugieren que el selenato ataca primero el metabolismo energético y la asimilación de S, e induce la mitigación del estrés oxidativo, representada por la acumulación de flavonoides, como una respuesta adaptativa clave, proporcionando un nuevo posible mecanismo en la adaptación al estrés de las plantas.