El melón amargo (L.) es un vegetal significativo. Aunque tiene un sabor amargo especial, sigue siendo popular entre el público. La industrialización del melón amargo podría verse obstaculizada por la falta de recursos genéticos. Los genomas mitocondrial y cloroplástico del melón amargo no han sido estudiados en profundidad. En el presente estudio, se secuenció y ensambló el genoma mitocondrial del melón amargo, y se investigó su subestructura. El genoma mitocondrial del melón amargo tiene 331,440 pb con 24 genes centrales únicos, 16 genes variables, 3 rARN y 23 tARN. Identificamos 134 SSR y 15 repeticiones en tándem en todo el genoma mitocondrial del melón amargo. Además, se observaron 402 pares de repeticiones con una longitud mayor o igual a 30 en total. La repetición palindrómica más larga fue de 523 pb, y la repetición hacia adelante más larga fue de 342 pb. Encontramos 20 fragmentos de ADN homólogos en el melón amargo, y la longitud total de inserción fue de 19,427 pb, lo que representa el 5.86% del genoma mitocondrial. Predijimos un total de 447 sitios potenciales de edición de ARN en 39 PCGs únicos y también descubrimos que el gen ccmFN ha sido editado con mayor frecuencia, 38 veces. Este estudio proporciona una base para una mejor comprensión y análisis de las diferencias en los patrones de evolución y herencia de los genomas mitocondriales de las cucurbitáceas.