Los países tropicales enfrentan ahora una creciente presión global para conservar los bosques tropicales, mientras deben mantener tierras cultivadas (particularmente la agricultura itinerante) para la subsistencia de las comunidades locales. Para lograr la conservación efectiva de los bosques tropicales en armonía con la agricultura itinerante de subsistencia, evaluamos la influencia de esta práctica en los servicios ecosistémicos (es decir, biodiversidad y stock de carbono) a nivel de paisaje, basándonos en tres escenarios de uso del suelo. El enfoque del estudio fue el área de tierras altas entre el Parque Kinabalu y el Parque Crocker Range en Sabah, en el norte de Borneo, donde las comunidades locales realizan agricultura itinerante para su subsistencia. En esta área, parches de vegetación de diversas etapas de sucesión secundaria se mezclan con tierras de cultivo itinerante. Un estudio anterior en el mismo sitio mostró relaciones significativas entre las edades de los parches de vegetación (que forman un sere de sucesión secundaria tras el abandono de tierras cultivadas) y la biomasa aérea (es decir, stock de carbono) y la composición de especies de los parches. Incorporamos estas relaciones significativas a un algoritmo de estimación de edad de los parches que se había desarrollado anteriormente. Primero, mapeamos los patrones espaciales actuales (a partir de 2010) de la biomasa aérea y la composición de la comunidad vegetal para todo el paisaje. Posteriormente, simulamos los patrones espaciotemporales de la biomasa aérea y la distribución de la comunidad vegetal utilizando tres escenarios de uso del suelo: (1) reducir el área de la agricultura itinerante a la mitad y proteger el resto del área; (2) acortar el período mínimo de barbecho de 7 a 4 años manteniendo la misma área de cultivo; y (3) alargar el período mínimo de barbecho de 7 a 10 años manteniendo la misma área de cultivo. Los resultados indicaron que el uso del suelo basado en el escenario 2 podría aumentar el stock de carbono mientras se mantiene el área de cultivo. Nuestros métodos fueron efectivos para mapear la estructura y composición de bosques altamente dinámicos a nivel de paisaje, y para predecir los futuros patrones de servicios ecosistémicos importantes basados en escenarios de uso del suelo.