La producción final de grano y calidad en trigo candeal se ven afectadas por estreses bióticos y abióticos. El enfoque de mapeo de asociación (MA) es útil para desentrañar el control genético de rasgos cuantitativos, con el objetivo de aumentar la producción final de trigo bajo condiciones de estrés. En este estudio, utilizamos análisis de MA para detectar loci de rasgos cuantitativos (QTL) subyacentes a rasgos agronómicos y de calidad en una colección de 294 líneas élite de trigo candeal de CIMMYT (Centro Internacional de Mejoramiento de Maíz y Trigo), cultivadas bajo diferentes regímenes de riego durante cuatro temporadas de crecimiento. Se detectaron treinta y siete asociaciones significativas entre marcadores y rasgos (MTAs) para el volumen de sedimentación (SV) y el peso de mil granos (TKW), ubicados en los cromosomas 1B y 2A, respectivamente. Los loci de QTL encontrados fueron luego confirmados con varios análisis de MA, que revelaron 12 MTAs de índice de sedimentación (SDS) y dos loci adicionales para SV (4A) y roya amarilla (1B). Un análisis de genes candidatos de las regiones genómicas identificadas detectó un grupo de 25 genes que codifican proteínas de cobre azul en el cromosoma 1B, con homeólogos en los dos subgenomas de trigo candeal, y un gen de O-metiltransferasa de biosíntesis de ubiquinona. En el cromosoma 2A, se encontraron varios genes relacionados con procesos fotosintéticos y vías metabólicas en proximidad a los marcadores asociados con TKW. Estos resultados son de uso potencial para su posterior aplicación en programas de mejoramiento de trigo candeal asistido por marcadores.