El erizo de mar rojo comestible es una especie de equinodermo endémica de las costas chilenas. La demanda mundial de gonadas de alta calidad de esta especie ha llevado a la disminución de sus poblaciones naturales. Los estudios sobre este erizo de mar son limitados y la información genómica es casi inexistente. Por lo tanto, generar un transcriptoma es información crucial que enriquecerá considerablemente los datos moleculares y promoverá futuros hallazgos para la acuicultura. Aquí, obtuvimos datos transcriptómicos del erizo de mar rojo comestible mediante la plataforma Illumina. Se extrajo ARN total de gonadas, intestinos y coelomocitos de erizos juveniles, y las muestras se secuenciaron utilizando la tecnología MiSeq de Illumina. Se ensamblaron un total de 91,119,300 lecturas de extremo emparejado, se produjeron 185,239 transcritos y se creó un transcriptoma de referencia con un contenido de GC del 38.8% y un N50 de 1769 pb. El análisis de ontología génica reveló diferencias notables en los perfiles de expresión entre gonadas, intestinos y coelomocitos, lo que permitió la detección de transcritos asociados con procesos biológicos específicos y vías de KEGG. Estos datos fueron validados utilizando 12 transcritos candidatos mediante qPCR en tiempo real. Este conjunto de datos proporcionará un valioso recurso molecular para otras especies de erizos de mar.