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Análisis y caracterización de la secuenciación del transcriptoma de longitud completa de factores de transcripción WRKY responsables de la respuesta al estrés por cadmio en

Autores: Chen, Tianjiao; Zuo, Dan; Yu, Jie; Hou, Yunyan; Wang, Hongcheng; Gu, Lei; Zhu, Bin; Wang, Huinan; Du, Xuye

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2023

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Acceso abierto

Artículo científico
2023

Análisis y caracterización de la secuenciación del transcriptoma de longitud completa de factores de transcripción WRKY responsables de la respuesta al estrés por cadmio en


Categoría

Ciencias Agrícolas y Biológicas

Subcategoría

Botánica

Palabras clave

Descubierto
Hiperacumulador
Proteínas WRKY
Biología molecular
Secuenciación
Estrés por Cd

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 10

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
es un hiperacumulador recién descubierto conocido por su capacidad para acumular múltiples metales. Las proteínas WRKY desempeñan un papel significativo en las respuestas de las plantas a varios estreses, incluido el estrés por cadmio (Cd). Sin embargo, hay una investigación limitada sobre la biología molecular de, especialmente en lo que respecta a la familia WRKY. En este estudio, realizamos secuenciación de tercera generación para la anotación funcional y el análisis estructural de. Obtuvimos 41,196 isoformas de alta calidad del transcriptoma completo, con una longitud promedio de 1043 pb. Se predijeron un total de 26,670 genes contra las bases de datos NR, Swissprot, KOG y KEGG. La comparación funcional utilizando la base de datos KOG reveló una excelente anotación en 25 categorías funcionales, siendo la predicción de función general (1822 ítems) la más predominante. El análisis MISA identificó 12,593 loci SSR, siendo los repeticiones de nucleótidos simples la categoría más grande (44.83% del total). Además, nuestras predicciones proporcionan información sobre 20,022 secuencias codificantes (CDS), 811 factores de transcripción y 17,963 LncRNAs. En total, se identificaron 34 secuencias de genes en el análisis de bioinformática, que reveló diversos números de aminoácidos en estos WRKYs (113 a 545 aa), y una secuencia conservada WRKYGQK dentro del N-terminal de la proteína WRKY. Además, se encontró que todos los WRKYs estaban localizados en el núcleo. El análisis filogenético clasificó los genes en tres categorías: I (14 miembros), II (17 miembros) y III (3 miembros). La categoría II se dividió posteriormente en cuatro subcategorías: II-a (8 miembros), II-b (1 miembro), II-c (1 miembro) y II-d (7 miembros). Nuestros experimentos de reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR) revelaron que y exhibieron los niveles de expresión más altos en el punto de tiempo de 24 horas, sugiriendo su posible papel como genes candidatos para la respuesta al estrés por Cd. Estos hallazgos contribuyen a nuestra comprensión de la información genómica de y proporcionan una base para el análisis de su diversidad genética. Además, este estudio allana el camino para una exploración integral de los mecanismos moleculares subyacentes a los genes en condiciones de estrés por Cd.

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