Este estudio tiene como objetivo predecir el comportamiento de diferentes portainjertos de tomate bajo condiciones de estrés por sequía. Se emplearon análisis de SCoT y CDDP para caracterizar la relación genética entre un híbrido de tomate comercial sensible a la sequía (cv. Bark) y cuatro accesiones de tomate silvestre (LA2711, LA1995, LA3845 y LA4285) conocidas por su tolerancia a condiciones adversas. Las plantas de Bark fueron injertadas en las accesiones silvestres mencionadas y autoinjertadas como control, y luego se siguió el comportamiento de todas las uniones de injertos bajo condiciones normales y de estrés por sequía. Nuestros resultados mostraron un mejor crecimiento y rendimiento general dependiente del genotipo de los heteroinjertos en comparación con los autoinjertos bajo todas las condiciones de crecimiento. Además, el análisis de agrupamiento basado en el crecimiento, la cantidad y calidad del rendimiento y el contenido de minerales en las hojas, ABA, GA3 y prolina, además de la actividad de APX, POD y DHAR reflejaron el mismo patrón de agrupamiento de los portainjertos estudiados exhibido por SCoT y CDDP. El patrón de agrupamiento idéntico respalda la utilización de SCoT y CDDP como una herramienta de selección sólida útil para predecir el comportamiento fisiológico y agronómico de los injertos en diferentes portainjertos de tomate. Además, el injerto podría ser un método alternativo rentable para mejorar la tolerancia a la sequía en genotipos sensibles de tomate.