La ocurrencia y propagación de () en el algodón depende de los efectos combinados de patógenos, plantas huésped y el medio ambiente, entre los cuales la temperatura es uno de los factores ambientales más importantes. Estudiar cómo la temperatura impacta la ocurrencia de en el algodón y los mecanismos que rigen las respuestas de defensa del huésped es crucial para la prevención y control de enfermedades. Comprender los efectos duales de la temperatura tanto en patógenos como en huéspedes puede proporcionar valiosos conocimientos para desarrollar estrategias efectivas para manejar esta destructiva infección fúngica en el algodón. Este estudio se basó en el Vd-3 caducifolio. A través del cultivo a diferentes temperaturas, el Vd-3 formó la mayor cantidad de microsclerotios y tuvo el mayor diámetro de colonia a 25 grados C. Se extrajeron toxinas de endosporas, y se determinó que 48 h era el mejor punto temporal patogénico para que las endotoxinas infectaran las hojas de algodón a través de un sistema de imagen de fluorescencia de clorofila y evaluación fenotípica. Se realizó secuenciación del transcriptoma en hojas de algodón infectadas con endotoxinas de Vd-3 durante 48 h a diferentes temperaturas de cultivo. Se identificaron un total de 34,955 genes expresados diferencialmente (DEGs) entre cada temperatura y CK (sin inoculación de patógenos), incluidos 17,422 DEGs comunes. Los resultados del análisis de enriquecimiento revelaron que todos los DEGs estaban involucrados principalmente en la fotosíntesis y el metabolismo de azúcares. Entre los 34,955 DEGs, se identificaron genes en las vías de biosíntesis y transducción de señales del ácido jasmonico (JA), ácido salicílico (SA) y etileno (ET), y se determinaron sus patrones de expresión. Un total de 5652 DEGs únicos se agruparon en seis clústeres utilizando el algoritmo de agrupamiento k-means, y las funciones y principales factores de transcripción (TFs) de cada clúster fueron posteriormente anotados. Además, construimos una red reguladora de genes a través del análisis de red de correlación ponderada (WGCNA) e identificamos doce genes clave relacionados con la defensa del algodón contra a diferentes temperaturas, incluidos cuatro genes que codifican factores de transcripción. Estos hallazgos proporcionan una base teórica para investigar la regulación de la temperatura en la infección del algodón e introducen nuevos recursos genéticos para mejorar la resistencia a esta enfermedad en las plantas de algodón.