La contaminación de fuentes no puntuales es una fuente importante de riesgo ecológico en los lagos kársticos. El proceso de paisajes de fuente-sumidero es la principal vía de migración de la contaminación y juega un papel importante en la calidad del agua. En este estudio, se analizó la evolución del riesgo ecológico en los últimos 30 años en una cuenca de lago kárstico con 495 subcuencas como unidad básica de evaluación, y se mejoró el modelo de evaluación de riesgo de contaminación de fuentes no puntuales utilizando la lluvia y la aplicación de fertilizantes. Los resultados muestran que (1) el área de tierras cultivadas se redujo significativamente, con las tierras forestales y de construcción mostrando una tendencia al alza en general; (2) la disposición del paisaje de sumidero se redujo continuamente, mientras que el paisaje de fuente se expandió gradualmente, y el espacio de valores de carga alta aumentó aún más y pasó de una distribución de disposición en forma de flor a una contigüidad concentrada, con algunos valores que superaron 0.5; (3) las 252 subcuencas del paisaje de sumidero migraron de muy bajo riesgo a bajo riesgo, mientras que el riesgo del paisaje de fuente cambió de riesgo medio a alto y muy alto en 48 subcuencas; y (4) en términos de la tendencia general de transformación del riesgo ecológico del paisaje de fuente-sumidero, la transformación de paisajes de sumidero a paisajes de fuente fue mayor que la de paisajes de fuente a paisajes de sumidero, y el riesgo ecológico general mostró una tendencia creciente.