Los huesos intermusculares (IBs) son pequeños huesos en forma de espículas en el septo muscular de los peces, que afectan su valor comestible y económico. El mecanismo molecular del desarrollo de los IBs aún es incierto. Numerosos estudios han demostrado que la red ceRNA, que está compuesta por mRNA, lncRNA y miRNA, desempeña un papel regulador importante en el desarrollo óseo. En este estudio, comparamos los perfiles de expresión de mRNA, lncRNA y miRNA en diferentes segmentos de desarrollo de IBs en peces cebra. El desarrollo de los IBs incluye dos procesos principales: la formación y el crecimiento. Se identificó una serie de genes implicados en la formación y el crecimiento de los IBs a través del análisis de expresión diferencial de genes y análisis de patrones de expresión. El análisis de enriquecimiento funcional mostró que las funciones de los genes implicados en la regulación de la formación y el crecimiento de los IBs eran bastante diferentes. Las vías de señalización del ribosoma y la fosforilación oxidativa se enriquecieron significativamente durante la formación de los IBs, lo que sugiere que se requieren muchas proteínas para formar los IBs. Se ha demostrado que varias vías asociadas con el desarrollo óseo desempeñan un papel importante en el crecimiento de los IBs, incluidas las vías de señalización de calcio, interacción con receptores de ECM, Wnt, TGF-beta y hedgehog. De acuerdo con la relación de orientación y la correlación de expresión de mRNA, lncRNA y miRNA, se construyeron las redes ceRNA asociadas con el crecimiento de los IBs, que comprendían 33 mRNAs, 9 lncRNAs y 7 miRNAs. Este estudio proporciona una nueva perspectiva sobre el mecanismo molecular del desarrollo de los IBs.