El número efectivo de panojas (PNs) y el número de macollos (TNs) son rasgos importantes que afectan la arquitectura y el rendimiento de grano del arroz (L.). Sin embargo, los mecanismos moleculares subyacentes a la heterosis de PN y TN en el arroz siguen siendo desconocidos. Además, es necesario detectar y descubrir nuevos genes relacionados con PN o TN. En este estudio, para detectar los loci de rasgos cuantitativos del arroz (QTLs) y los loci relacionados con la heterosis de PN o TN en el arroz, desarrollamos una población de líneas recombinantes endogámicas (RIL) de alta generación a partir del cruce de dos cultivares élite, Luohui9 () y RPY geng (), y dos poblaciones híbridas de prueba derivadas de los cruces de RILs y dos líneas macho estériles citoplasmáticas, YTA () y Z7A (). Finalmente, se identificaron nueve QTLs de PN a lo largo de cuatro temporadas, y se mapearon dos QTLs de TN en 191HB. Además, se ubicaron seis QTLs relacionados con la heterosis de PN y cinco QTLs relacionados con la heterosis de TN. Encontramos que los QTLs relacionados con la heterosis de PN o TN abarcaban múltiples genes conocidos, como , y . Además, el análisis de genes homólogos identificó un gen candidato de PN (). En conjunto, estos hallazgos revelan múltiples loci relacionados con la heterosis, y proporcionan una nueva visión sobre el mecanismo de la heterosis de PN y TN en el arroz.