La sandía es un cultivo cucurbitáceo de importancia económica. Su pulpa es rica en carotenoides antioxidantes, que confieren una variedad de colores a la carne. La Sintasa de Fitoeno es la enzima limitante de la velocidad para la síntesis de carotenoides; sin embargo, la actividad del promotor sigue siendo desconocida. En el presente estudio, se aislaron secuencias promotoras de cuatro accesiones de sandía: Cream of Saskatchewan amarilla pálida (COS), carne amarilla canaria (PI 635597), carne dorada (PI 192938) y carne roja (LSW-177), todas las cuales expresan niveles extremadamente altos. El alineamiento de secuencias y el análisis de elementos cis revelaron seis SNPs entre las cuatro líneas, todos en COS, dos de los cuales (en las posiciones 598 y 1257) causaron variaciones en la secuencia de unión de elementos cis MYC y MYB, respectivamente. Para confirmar la actividad del promotor génico, se construyeron fragmentos del promotor de longitud completa y deleciones y se conectaron a un vector de beta-D-glucosidasa (GUS) y se transfirieron a frutos de tomate. Se realizó tinción de GUS para analizar el segmento clave del promotor. La actividad del promotor de longitud completa de PI 192938 superó a la de COS. El fragmento de deleción de -1521 pb a -1043 pb exhibió una fuerte actividad promotor, y contenía una mutación en el sitio de unión del factor de transcripción MYB. Combinamos RNA-seq con qRT-PCR para analizar el patrón de expresión génica entre el factor de transcripción MYB y el gen y encontramos que ClMYB21 mostraba la misma tendencia de expresión con, que regula positivamente la síntesis y metabolismo de carotenoides.