Este estudio tiene como objetivo evaluar la calidad de las aguas residuales tratadas que fluyen en el río Zarqa para determinar su idoneidad para el uso agrícola. La evaluación se basa en parámetros fisicoquímicos y biológicos de acuerdo con las normas jordanas (JS 893:2021), el índice de calidad del agua de CCME y el índice de calidad del agua aritmético ponderado (WAWQI). Además, se realizó una evaluación microbiana para identificar la presencia de patógenos en las aguas residuales tratadas. Se recolectaron un total de 168 muestras de agua de siete sitios diferentes a lo largo del río Zarqa durante un período de 24 meses. Este estudio se centró en la evaluación microbiana y en parámetros seleccionados de la JS 893:2021, incluyendo sólidos disueltos totales (TDS), demanda bioquímica de oxígeno (DBO), oxígeno disuelto (OD), demanda química de oxígeno (DQO) y niveles. Además, se recopilaron datos sobre parámetros fisicoquímicos adicionales como pH, contenido mineral (incluyendo Na, Ca, K, Mg y Cl), sales (HCO, SO, NO y PO) y metales pesados (Fe, Cu, Pb, Mn y Co). Se calcularon el índice de calidad del agua de CCME y las puntuaciones del WQI aritmético ponderado para determinar la calidad del agua de los siete sitios de estudio. En términos de normas jordanas, el Sitio 1 tuvo los valores más bajos de TDS y OD junto con la concentración. Además, en términos de minerales y sales, las concentraciones máximas encontradas para los sitios son las siguientes: Sitio 2 (K y NO), Sitio 3 (Cl, Na), Sitio 5 (Ca, HCO) y Sitio 7 (Mg, PO y SO). En términos de pH, todos los sitios de estudio tuvieron valores de pH dentro del rango aceptable, es decir, entre 6 y 9, para fines de riego. Las concentraciones de ciertos metales pesados, específicamente plomo (Pb), manganeso (Mn) y cobalto (Co), se observaron como insignificantes. En contraste, el Sitio 6 mostró la mayor concentración de hierro (Fe) (0.0178 mg/L), mientras que el Sitio 5 registró la máxima concentración de cobre (Cu) (0.0210 mg/L) entre los lugares de estudio. El Sitio 1 demostró la calidad de agua más favorable entre los siete sitios evaluados, mientras que el Sitio 6 mostró la peor calidad de agua. En general, la calidad del agua de la mayoría de los sitios se consideró adecuada para el drenaje y para el riego de cultivos clasificados bajo la categoría B. Sin embargo, basándose en los valores del índice de calidad del agua aritmético ponderado (WQI), ninguno de los sitios logró una clasificación de buena o excelente calidad de agua, aunque la calidad del agua en estos sitios aún puede ser utilizada para fines de riego. El presente estudio es el primero en informar la presencia de SARS-CoV-2 en muestras de agua del río Zarqa. Los resultados del estudio actual son prometedores y proporcionan información valiosa en términos de parámetros de calidad del agua, mientras que los aspectos de salud pública deben ser considerados al planificar las plantas de tratamiento de aguas residuales en paralelo a la recuperación de las aguas residuales para fines de riego.