Con el interés particular de ser implementado en criptografía, el reconocimiento y análisis de patrones de imagen basados en cuadrados latinos ha surgido recientemente como un nuevo enfoque eficiente para clasificar cuadrados latinos parciales en clases de isomorfismo. Este artículo muestra cómo el uso de un Sistema de Álgebra Computacional (CAS) se vuelve necesario para profundizar en este aspecto. Así, el reconocimiento y análisis de patrones de imagen basados en estas estructuras combinatorias se beneficia del uso de geometría algebraica computacional para determinar si dos cuadrados latinos parciales dados describen el mismo conjunto algebraico afín. Este artículo profundiza en este tema centrándose en el uso de un CAS para caracterizar cuándo dos cuadrados latinos parciales son parcialmente transpuestos o parcialmente isotópicos.