Hemos llevado a cabo un estudio coprológico de 10 años de duración sobre los animales alojados en dos instituciones zoológicas (ZooAquarium y Faunia, Madrid, España) para evaluar la biodiversidad de parásitos, su prevalencia y su relación con la clase de hospedador, la dieta y el tipo de recinto (tipo de suelo y nivel de aislamiento de la fauna silvestre). Se examinaron un total de 4476 muestras fecales de 132 especies de mamíferos y 951 muestras de 86 especies de aves. Los resultados indicaron que solo el 12.8% de las especies de aves tenían parásitos al menos una vez durante el período de estudio, mientras que el 62.1% de las especies de mamíferos dieron positivo. Predominantemente, se identificaron protistas (flagelados y ciliados) y nematodos (principalmente) en los hallazgos. Las especies carnívoras estaban principalmente infectadas por nematodos, mientras que las especies herbívoras y omnívoras estaban principalmente infectadas por protistas. El número de especies herbívoras y omnívoras infectadas fue significativamente mayor que el de las especies carnívoras. Se observaron diferencias basadas en el tipo de suelo (artificial, natural, mixto) y el nivel de aislamiento (aislado/accesible), pero estas diferencias no fueron estadísticamente significativas. Varios parásitos ( spp., spp., , spp.) podrían potencialmente transmitirse entre humanos y algunos mamíferos y aves. Análisis regulares de los animales y un programa de salud para el personal en las instituciones minimizarían los riesgos de transmisión entre los animales del zoológico, la fauna silvestre y los humanos.