La fertilización afecta la formación y estabilidad de los agregados del suelo, así como el estado de nutrientes de los agregados del suelo. Sin embargo, el efecto potencial del compost en los agregados del suelo y sus características de nutrientes aún no está claro. Por tanto, realizamos un experimento de cultivo de hortalizas en invernadero para evaluar los agregados estables al agua del suelo (WSA) y sus índices de estabilidad y características de estequiometría de nutrientes de los agregados a una profundidad del suelo de 0 a 20 cm con cuatro tratamientos: (1) sin fertilizante (CK), (2) fertilizante químico (CF), (3) fertilizante orgánico (OF) y (4) fertilizante químico más fertilizante orgánico (CO). Los resultados mostraron que la proporción de la fracción de 2 a 0.25 mm fue la mayor, seguida por 0.25 a 0.053 mm, que representaba del 41.83 al 49.53% y del 28.60 al 31.88% en peso, respectivamente. El valor del diámetro medio de peso (MWD) y la proporción de la fracción >0.25 mm en los tratamientos CF, OF y CO fueron significativamente más altos que en el tratamiento CK. Dentro de los tratamientos de fertilización, el MWD y la proporción de la fracción >0.25 mm en el CO fueron significativamente más altos que en CF y OF. Entre todos los agregados, los contenidos de carbono orgánico del suelo (SOC), nitrógeno total (TN) y fósforo total (TP) fueron los más altos en la fracción de 0.25 a 0.053 mm. Los tratamientos CF, OF y CO aumentaron significativamente los contenidos de SOC, TN y TP en comparación con el tratamiento CK. El contenido de SOC de las fracciones >2 mm y 0.25 a 0.053 mm en el tratamiento CO fue significativamente más alto que en los tratamientos CF y OF, y los contenidos de TN y TP en todos los agregados (excepto <0.053 mm) fueron los más altos en el tratamiento CO. Los contenidos de SOC, TN y TP en los componentes de 2 a 0.25 mm y 0.25 a 0.053 mm contribuyeron en gran medida a las reservas de SOC, TN y TP del suelo. No hubo diferencias notables en la estequiometría de nutrientes de los agregados del suelo entre los diferentes tratamientos. El análisis de redundancia (RDA) reveló que los factores fisicoquímicos del suelo, incluidos SOC, TN, TP y pH, explicaron significativamente la estabilidad de los agregados del suelo. En resumen, el fertilizante químico combinado con fertilizante orgánico afectó positivamente la estabilidad y acumulación de nutrientes de los agregados del suelo en tierras de secano de invernadero.