Análisis de novo del transcriptoma del cv. Super Strain B bajo estrés por sequía
Autores: Al-Zahrani, Hassan S.; Moussa, Tarek A. A.; Alsamadany, Hameed; Hafez, Rehab M.; Fuller, Michael P.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Análisis de novo del transcriptoma del cv. Super Strain B bajo estrés por sequía
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Tomate
Súper cepa B
Genes
Vías
Transcritos
SSRs
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 28
Citaciones: Sin citaciones
El tomate cv. super cepa B fue ampliamente cultivado en Arabia Saudita bajo estrés por sequía. Se utilizó Illumina Hiseq-2000 para crear el perfil de transcripción del tomate cultivar super cepa B. Se recopilaron un total de 98,069 contigs, con una longitud promedio de 766 pb. La mayoría de los genes en el análisis de ontología génica (GO) se categorizaron en función molecular (MF) de unión a ATP (1301 genes), unión a iones metálicos (456 genes), actividad de proteína quinasa (392 genes), actividad de transferasa (299 genes), proceso biológico (BP) de genes de ADN-templado (366 genes) y regulación de genes de transcripción (209 genes), mientras que los componentes celulares (CC) de componente integral de membrana (436 genes). Las enzimas más dominantes expresadas fueron las transferasas (645 secuencias). Según la base de datos de vías KEGG, se interpretaron 15,638 transcripciones en 125 vías exclusivas. Los grupos principales de vías fueron vías metabólicas (map01100, 315 genes) y biosíntesis de metabolitos secundarios (map01110, 188 genes). El número total de variantes en los doce cromosomas de la super cepa B en comparación con el genoma del tomate fue de 5284. El número total de SSRs potenciales fue de 5047 en 4806 unigenes. Los repeticiones de trinucleótidos (3006, 59.5%) fueron el tipo más encontrado en el transcriptoma. Se identificaron un total de 4541 SNPs y 744 INDELs en el tomate super cepa B en comparación con el genoma del tomate.
Descripción
El tomate cv. super cepa B fue ampliamente cultivado en Arabia Saudita bajo estrés por sequía. Se utilizó Illumina Hiseq-2000 para crear el perfil de transcripción del tomate cultivar super cepa B. Se recopilaron un total de 98,069 contigs, con una longitud promedio de 766 pb. La mayoría de los genes en el análisis de ontología génica (GO) se categorizaron en función molecular (MF) de unión a ATP (1301 genes), unión a iones metálicos (456 genes), actividad de proteína quinasa (392 genes), actividad de transferasa (299 genes), proceso biológico (BP) de genes de ADN-templado (366 genes) y regulación de genes de transcripción (209 genes), mientras que los componentes celulares (CC) de componente integral de membrana (436 genes). Las enzimas más dominantes expresadas fueron las transferasas (645 secuencias). Según la base de datos de vías KEGG, se interpretaron 15,638 transcripciones en 125 vías exclusivas. Los grupos principales de vías fueron vías metabólicas (map01100, 315 genes) y biosíntesis de metabolitos secundarios (map01110, 188 genes). El número total de variantes en los doce cromosomas de la super cepa B en comparación con el genoma del tomate fue de 5284. El número total de SSRs potenciales fue de 5047 en 4806 unigenes. Los repeticiones de trinucleótidos (3006, 59.5%) fueron el tipo más encontrado en el transcriptoma. Se identificaron un total de 4541 SNPs y 744 INDELs en el tomate super cepa B en comparación con el genoma del tomate.