Este estudio intenta proporcionar una visión más profunda sobre el estado genético actual de 12 razas autóctonas de ovejas búlgaras utilizando marcadores de microsatélites (SSR). Se analizaron un total de 600 individuos de 50 rebaños utilizando un panel de 13 marcadores SSR. En total, se encontraron 228 alelos en los loci de microsatélites estudiados. El número medio de alelos, el número efectivo de alelos y los valores de contenido de información polimórfica (PIC) por locus fueron 17.54, 5.250 y 0.799, respectivamente. La heterocigosidad esperada (He) para todas las razas osciló entre 0.70 y 0.82. El déficit de heterocigotos dentro de la población (Fis) varió de -0.03 a 0.1, reflejando niveles significativos para 10 de las 12 razas. La diferenciación genética media (Fst) fue de 0.046, revelando una baja discriminación entre las razas. La distancia genética, el análisis de coordenadas principales y el análisis de estructura mostraron que dos de las razas estudiadas -Local Stara Zagora/SZ/ y Local Karnobat/MK/- eran las poblaciones de ovejas más distintas. El enfoque de agrupamiento bayesiano sugirió una pobre diferenciación de razas para las 10 razas de ovejas restantes. Los resultados sugieren que se deben implementar estrategias de manejo adecuadas y políticas de cría específicas en Bulgaria para evitar la mezcla de razas y reducir la erosión de la pureza racial observada en algunas razas.