Los microsatélites o SSR son pequeñas repeticiones en tándem que miden de 1 a 6 pb de longitud. Suelen ser altamente polimórficos y forman partes importantes de los genomas. Han sido analizados extensamente en humanos, animales y plantas modelo; sin embargo, la información de plantas no florales generalmente es escasa. Aquí, examinamos 29 muestras de helechos de Ophioglossaceae, principalmente de los géneros y . Analizamos la distribución, densidad y composición de los SSR en casi 400 exones nucleares y sus regiones flanqueantes. Detectamos 45 SSR en exones y 1475 SSR en las regiones flanqueantes. En los exones, solo se encontraron di-, tri- y tetranucleótidos, y todos ellos tenían 12 pb de longitud. La anotación de los exones que contienen SSR mostró que estaban relacionados con varios procesos, como el metabolismo, la catálisis, el transporte o el crecimiento de las plantas. Las regiones flanqueantes contenían SSR de todas las categorías, siendo los dinucleótidos los más numerosos, seguidos de los tetranucleótidos. Más de un tercio de todos los SSR en las regiones flanqueantes tenían 12 pb de longitud. Las densidades de SSR en los exones eran muy bajas, oscilando entre 0 y 0.07 SSRs/kb, mientras que en las regiones flanqueantes variaban de 0.24 a 0.81 SSRs/kb; y en el conjunto de datos combinado variaban de 0.2 a 0.81 SSRs/kb. La mayoría de los SSR detectados en las regiones flanqueantes eran polimórficos y estaban presentes en los mismos loci en dos o más muestras, pero variando en el número de repeticiones. Los SSR detectados aquí pueden servir como base para futuros estudios de genética de poblaciones, filogenética o genética evolutiva, así como para estudios adicionales centrados en los SSR en los genomas y sus roles en la adaptación, evolución y enfermedades.