La composición microbiana y las características físico-químicas fueron estudiadas durante la fermentación del café de tres variedades de L., Var. Tabi, Var. Castillo General y Var. Colombia. Se recolectaron muestras de mucílago y semillas de café lavadas en diferentes etapas de fermentación. Se realizó la caracterización microbiológica del mucílago y análisis metataxonómico utilizando secuenciación de ARNr 16S para determinar la diversidad bacteriana y secuenciación de ITS para la diversidad fúngica. Además, los microorganismos fueron aislados en cultivos puros. Los análisis de diversidad molecular mostraron similitudes en los microorganismos presentes durante la fermentación de Var. Castillo General y Var. Colombia, que están genéticamente relacionados; las bacterias ácido lácticas (sp., sp. y ) eran comunes y predominantes, mientras que en Var. Tabi, las bacterias ácido acéticas (sp. y sp.) y sp. eran predominantes. Al final del período de fermentación, se encontraron los hongos , y en Var. Castillo General y Var. Colombia, mientras que en Var. Tabi, , y fueron registrados. Se llevaron a cabo análisis sensoriales de las bebidas de café (metodología SCA) para todas las muestras. Var. Tabi obtuvo la puntuación más alta en SCA, entre 82.7 y 83.2, mientras que para Var. Colombia, la puntuación osciló entre 82.1 y 82.5. Estas tres variedades de café mostraron potencial para la producción de cafés de especialidad influenciados por procesos de fermentación espontánea que dependen de consorcios microbianos en lugar de un solo microorganismo.