En el campo en expansión de la epigenética, hay varios métodos disponibles para determinar el estado de metilación de muestras de ADN. Sin embargo, elegir el método que mejor se adapte a la respuesta de una pregunta biológica particular sigue siendo una tarea difícil. Esta revisión tiene como objetivo proporcionar a los biólogos, particularmente a aquellos que son nuevos en el campo de la epigenética, un algoritmo simple para ayudarles en la selección del ensayo más apropiado para satisfacer sus necesidades de investigación. En primer lugar, hemos separado todos los métodos en dos categorías: aquellos que se utilizan para: (1) el descubrimiento de cambios epigenéticos desconocidos; y (2) la evaluación de la metilación del ADN dentro de regiones/génes regulatorios particulares de interés. Las técnicas se analizan y clasifican según su robustez, capacidades de alto rendimiento y costo. Esta revisión incluye la mayoría de los métodos disponibles hasta la fecha, pero con un enfoque particular en kits disponibles comercialmente u otras soluciones simples y directas que han demostrado ser útiles.