El pericarpio de la semilla de Willd. (quinoa) contiene una mezcla de saponinas triterpenoides que confieren propiedades organolépticas no deseadas. En este estudio, evaluamos el contenido de saponinas y sus correspondientes sapogeninas en 114 accesiones diferentes de quinoa. El contenido relativo de saponinas varió de 0.22 a 15.04 mg/g de peso seco de semilla entre los genotipos estudiados y el efecto del genotipo fue significativo (<0.001). Alrededor del 75% de los genotipos podrían clasificarse como líneas de bajo contenido de saponinas, lo cual es prometedor en vista de los esfuerzos actuales de mejoramiento de plantas. Además de la determinación cuantitativa de saponinas, se realizó un perfilado metabólico mediante LC-FTICR-MS y LC-MS/MS. Obtuvimos una estimación de masa altamente precisa a partir de los espectros de iones que permitieron la identificación de doce saponinas del tipo oleanano. Estas difieren en sus agliconas y en el número y tipo de unidades de glucósidos. Interesantemente, identificamos un compuesto de saponina que, hasta donde sabemos, no se había informado anteriormente. Nuestro estudio destaca que existe una considerable variabilidad en cuanto al contenido de saponinas en la quinoa, lo que contribuye a la valorización de los recursos genéticos hacia la identificación de genotipos que podrían ser utilizados en programas actuales y futuros de mejoramiento de la quinoa.