El melón Hami es un cultivo económico característico de Xinjiang. El almacenamiento a largo plazo a bajas temperaturas puede causar daños por frío y afectar significativamente la calidad de almacenamiento de los frutos del melón Hami. Este estudio investigó la resistencia al frío de dos variedades de melón Hami a bajas temperaturas, seleccionó genes clave y exploró más a fondo sus mecanismos de resistencia. Al comparar y analizar la relación entre la morfología fenotípica, los indicadores fisiológicos y el tiempo de almacenamiento, se encontró que los síntomas de daño por frío en los melones Hami están relacionados tanto con el tiempo de almacenamiento como con la variedad. Para analizar los mecanismos de respuesta de los melones Hami al estrés por frío a nivel molecular, realizamos un análisis de secuenciación del transcriptoma en la variedad de melón Hami sensible al frío Gold Queen y la variedad resistente al frío Jia Shi. El análisis muestra que el estrés por frío induce la expresión de estos genes diferencialmente expresados, que participan en el sistema de ciclo AsA-GSH, forman la vía NADPH-P450 y establecen la vía de resistencia al frío ERF-WRKY. Esto, a su vez, aumenta el contenido de prolina libre en los frutos, elimina proteínas desnaturalizadas dentro de la fruta, mantiene la estabilidad del sistema redox e inhibe ciertos genes diferencialmente expresados que regulan el metabolismo de la pared celular, aliviando así el ablandamiento de la fruta y mejorando la resistencia al frío.