Los receptores de glutamato de las plantas (GLRs) son proteínas de membrana integral que funcionan como canales catiónicos no selectivos, involucrados en la regulación de eventos de desarrollo cruciales en las plantas. El conocimiento sobre estas proteínas está restringido a unas pocas especies y sus verdaderos agonistas aún son desconocidos en las plantas. Utilizando los SlGLRs de tomate, se realizó una búsqueda en la base de datos de pimientos para identificar secuencias de GLR en el pimiento habanero (Jacq.). Se llevaron a cabo análisis estructurales, filogenéticos y de ortología de los CcGLRs, así como de acoplamiento molecular y redes de interacción de proteínas. Se identificaron diecisiete CcGLRs, que contenían los dominios característicos de GLR. La variación de residuos conservados en el dominio transmembrana M2 entre los miembros sugiere una diferencia en la selectividad y/o conducción de iones. Además, se reportan nuevos motivos conservados en las regiones de unión al ligando. Los eventos de duplicación parecen impulsar la expansión de la especie, y estos se localizaron en la evolución mediante el uso de ortólogos. El análisis de acoplamiento molecular nos permitió identificar diferencias en el bolsillo de unión del agonista entre los CcGLRs, lo que sugiere la existencia de diferentes afinidades por los aminoácidos. La posible interacción de algunos CcGLRs con proteínas sugiere funciones específicas para ellos dentro de la planta. Estos resultados ofrecen pistas funcionales importantes para el CcGLR, probablemente extrapoladas a otras Solanáceas.