El objetivo de este trabajo fue cuantificar y caracterizar la fracción lipídica de los granos de café cultivados en diferentes zonas agroclimáticas del departamento de Quindío, buscando proporcionar a los productores de café información útil sobre el café producido en sus fincas y la capacidad de determinar la calidad y atributos sensoriales del café. El proceso de extracción de lípidos se llevó a cabo mediante dos métodos diferentes: Soxhlet y Soxtec. El sesgo se estableció a través del análisis de concordancia utilizando la prueba de Bland-Altman para determinar la correlación entre los dos métodos de extracción. Los resultados finales se compararon para cada zona agroclimática, y no se encontraron diferencias significativas entre los valores del contenido promedio de lípidos del café, que variaron entre el 12.01% y el 12.90%. Al caracterizar el perfil de ácidos grasos presentes en la fracción lipídica del café utilizando la técnica de cromatografía de gases acoplada a espectrometría de masas, se evidenció que los principales ácidos presentes en el grano de café verde eran el ácido linoleico y el ácido palmítico, con un contenido promedio entre el 39.83-40.83% y el 36.92-37.90%, respectivamente, y que estos contenidos de ácidos grasos presentaron diferencias estadísticamente significativas en áreas con mayores elevaciones, mayor humedad relativa y menos luz solar (zonas 3 y 4). El ácido esteárico presentó diferencias en todas las zonas agroclimáticas.