El endostilo es un órgano faríngeo con un surco de apertura y cilios en los cordados invertebrados (anfioxo y ascidias) y ciclostomados (lamprea), que sirve como un tracto de alimentación por filtración y como un lugar de secreción de tiroides. La evidencia emergente implica su compleja composición celular y funciones potencialmente versátiles. Se ha pensado que múltiples tipos de células en el endostilo son progenitores de órganos complejos en vertebrados avanzados. Para describir el perfil de expresión y las funciones potenciales, se realizó una secuenciación de ARN masivo en el endostilo de ascidia y se seleccionaron marcadores distintos mediante un análisis comparativo multinivel. Los datos de ensayo de expresión transcripcional y los resultados verificados por qRT-PCR mostraron los patrones de expresión regional de los genes Hox en el eje longitudinal. Se propusieron marcadores específicos del órgano del endostilo comparando la expresión con los principales órganos de la ascidia. Una proyección del perfil transcripcional entre el endostilo y los órganos de indica una relación homogénea robusta con el sistema tiroides y digestivo del endostilo. La alta similitud entre el endostilo y el riñón cefálico en el pez cebra/la médula ósea en humanos implica funciones profundamente únicas del órgano faríngeo en proto-vertebrados. Nuestro resultado reveló que el perfil transcripcional de la glándula paratiroides humana era similar al endostilo de ascidia, lo que indica el origen evolutivo de los órganos de secreción hormonal en vertebrados.