La hibridación somática interespecífica es una estrategia de cría notable que permite la producción de variabilidad genética novedosa cuando existen barreras entre dos especies parentales. Aunque las consecuencias genéticas de la hibridación somática han sido bien documentadas, se sabe poco sobre su impacto a nivel epigenético. El objetivo de nuestra investigación fue investigar los cambios epigenéticos, en particular la metilación del ADN, que ocurren en una población de híbridos somáticos de papa. El análisis de 96 híbridos somáticos de cinco combinaciones de fusión y sus padres se llevó a cabo mediante polimorfismo amplificado sensible a la metilación (MSAP) y métodos de cromatografía líquida de alto rendimiento (HPLC). Seis combinaciones de cebadores MSAP generaron 622 bandas únicas, de las cuales 295 estaban completamente metiladas. El análisis de HPLC mostró una metilación total de la citosina del 15,5% al 16,9% dentro de las formas parentales. En general, los métodos MSAP y HPLC indicaron un aumento en la metilación del ADN en los híbridos somáticos en comparación con sus padres. Entre estos últimos, se encontró un menor grado de metilación del ADN en la especie silvestre. Nuestros hallazgos indicaron que la hibridación somática cambió el nivel de metilación de la citosina en los híbridos somáticos de papa estudiados.