En los últimos años, la innovación verde ha ganado una atención y popularidad sustanciales en la industria manufacturera de todo el mundo. Como parte esencial de la industria manufacturera, las pequeñas y medianas empresas manufactureras (PYMEs) son participantes vitales que promueven la innovación verde para lograr un desarrollo sostenible. Sin embargo, cómo evoluciona la innovación verde en las PYMEs no está claro, lo que impide que las PYMEs implementen o incluso adopten la innovación verde. Este estudio intentó revelar esencialmente la evolución de la innovación verde en las PYMEs basándose en la teoría de sistemas complejos. Primero, este estudio dividió la innovación verde en innovación de productos verdes e innovación de procesos verdes, definió las variables de estado de los dos componentes y diseccionó las interacciones simbióticas entre ellos. Luego, este estudio diseñó un modelo dinámico no lineal seguido de simulaciones extensas para describir teórica y visualmente cómo evoluciona la innovación verde. Este estudio encontró que la innovación verde con niveles no nulos en ambas dimensiones es deseada y determina los caminos evolutivos con medidas correspondientes que pueden guiar a las PYMEs para realizar la innovación verde en estados estables deseados. Además, se descubrió que el mutualismo simétrico es la interacción simbiótica óptima. Basándose en estos hallazgos, los sujetos reguladores y las PYMEs pueden ajustar debidamente las entradas sobre la innovación verde y las interacciones simbióticas dentro de la innovación verde para gestionar mejor las prácticas de innovación verde.