Análisis de la Diversidad Genética y Señal de Selección de las Ovejas Hu Basado en SNP50K BeadChip
Autores: Ma, Keyan; Song, Juanjuan; Li, Dengpan; Li, Taotao; Ma, Youji
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Análisis de la Diversidad Genética y Señal de Selección de las Ovejas Hu Basado en SNP50K BeadChip
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Diversidad genética
Ovejas Hu
Datos de SNP
Distancia genética
Tramos de homocigosis
Genes candidatos
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
Esta investigación está diseñada para examinar la diversidad genética y el parentesco entre las ovejas Hu, así como para descubrir genes asociados con rasgos económicos cruciales. Una selección de 50 machos adultos Hu no emparentados fue sometida a genotipificación con el SNP50K BeadChip. Se evaluaron siete indicadores de diversidad genética basados en datos SNP de alta calidad: tamaño efectivo de la población, contenido de información polimórfica, proporción de marcadores polimórficos, heterocigosidad esperada, heterocigosidad observada, número efectivo de alelos y frecuencia de alelos menores. Se utilizó el software Plink para calcular la matriz de distancia genética IBS y detectar tramos de homocigosidad (ROHs), mientras que la matriz G y el análisis de componentes principales se realizaron utilizando el software GCTA. Se llevó a cabo un análisis de barrido selectivo utilizando metodologías ROH, Pi y D de Tajima. Este estudio identificó un total de 64,734 SNPs, de los cuales 56,522 SNPs permanecieron para análisis posteriores después del control de calidad. La población mostró una diversidad genética relativamente alta. Las 50 ovejas Hu se agruparon en 12 familias distintas, siendo las familias 6, 8 y 10 las que tenían el mayor número de individuos, cada una compuesta por 6 ovejas. Además, se detectaron un total de 294 ROHs, la mayoría con longitudes entre 1 y 5 Mb, y el coeficiente de endogamia fue de 0.01. Además, se identificaron 41, 440 y 994 genes candidatos mediante los métodos ROH, Pi y D de Tajima, respectivamente, con 3 genes superpuestos. Estos resultados ofrecen valiosas perspectivas para la futura cría de ovejas Hu, la evaluación genética y la gestión de poblaciones.
Descripción
Esta investigación está diseñada para examinar la diversidad genética y el parentesco entre las ovejas Hu, así como para descubrir genes asociados con rasgos económicos cruciales. Una selección de 50 machos adultos Hu no emparentados fue sometida a genotipificación con el SNP50K BeadChip. Se evaluaron siete indicadores de diversidad genética basados en datos SNP de alta calidad: tamaño efectivo de la población, contenido de información polimórfica, proporción de marcadores polimórficos, heterocigosidad esperada, heterocigosidad observada, número efectivo de alelos y frecuencia de alelos menores. Se utilizó el software Plink para calcular la matriz de distancia genética IBS y detectar tramos de homocigosidad (ROHs), mientras que la matriz G y el análisis de componentes principales se realizaron utilizando el software GCTA. Se llevó a cabo un análisis de barrido selectivo utilizando metodologías ROH, Pi y D de Tajima. Este estudio identificó un total de 64,734 SNPs, de los cuales 56,522 SNPs permanecieron para análisis posteriores después del control de calidad. La población mostró una diversidad genética relativamente alta. Las 50 ovejas Hu se agruparon en 12 familias distintas, siendo las familias 6, 8 y 10 las que tenían el mayor número de individuos, cada una compuesta por 6 ovejas. Además, se detectaron un total de 294 ROHs, la mayoría con longitudes entre 1 y 5 Mb, y el coeficiente de endogamia fue de 0.01. Además, se identificaron 41, 440 y 994 genes candidatos mediante los métodos ROH, Pi y D de Tajima, respectivamente, con 3 genes superpuestos. Estos resultados ofrecen valiosas perspectivas para la futura cría de ovejas Hu, la evaluación genética y la gestión de poblaciones.