El guar [ (L.) Taub] fue domesticado en India y Pakistán. Es principalmente autopolinizador, arbustivo y con raíces profundas. El endospermo de la semilla de guar contiene goma de galactomanano, que se utiliza en muchos productos alimenticios, farmacéuticos, cosméticos, explosivos, productos cárnicos y alimentos para mascotas, así como en la industria textil, sin embargo, su diversidad genética sigue siendo en gran medida inexplorada. Utilizando 7000 marcadores de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) de alta calidad adquiridos mediante genotipado por secuenciación (GBS), analizamos la diversidad genética y la estructura poblacional en 225 accesiones de guar de India, Pakistán y Estados Unidos. Structure Harvester reveló que K = 3 tenía el mejor delta K, mientras que K = 2 tenía el segundo delta K más alto. Se identificaron tres principales clústeres genéticos (K = 3) utilizando un análisis de estructura poblacional, empleando un modelo de mezcla: 156 accesiones (69.3%) fueron clasificadas en Q1, 23 accesiones (10.2%) en Q2 y 16 accesiones (7.1%) en Q3. Las 30 accesiones restantes (13.3%) fueron incluidas en la mezcla. En las tres subpoblaciones en K = 3, la mayoría de las accesiones de guar provenían de India. También encontramos que estos clústeres se correlacionaban principalmente con los orígenes geográficos. Los resultados mostraron que las subpoblaciones Q2 y Q3 incluían solo accesiones de guar de India. Los recursos genéticos de Q2 y Q3 pueden representar un reservorio inexplorado para introducir variedades beneficiosas en las poblaciones de cría de EE. UU. Este análisis de diversidad genética y estructura poblacional del banco de genes de guar será de interés para realizar minería de alelos y selección de padres donantes para el desarrollo de nuevos y mejores germoplasmas de guar para rasgos deseados.